La Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) imputó a título de autor de crímenes de guerra y de lesa humanidad al general (r) Mario Montoya Uribe, por mentir sobre el número de bajas, encubrir casos de extralimitación del uso de la fuerza, presionar a los miembros de las unidades militares bajo su mando para obtener bajas “en combate”, emplear un lenguaje violento que exaltaba el derramamiento de sangre y ordenar que no se reportaran capturas por considerarlas resultados operacionales indeseados.
La decisión, adoptada por la Sala de Reconocimiento de Verdad y de Responsabilidad, contra el excomandante del Ejército Nacional se da por 130 asesinatos y desapariciones forzadas cometidos cuando el oficial fue comandante de la IV Brigada, con sede en Medellín, entre el 2002 y el 2003.
Por estos mismos crímenes fueron imputados los tenientes coroneles (r) Julio Alberto Novoa Ruiz e Iván Darío Pineda Recuero, además de cuatro subtenientes, un teniente y un soldado regular, todos antiguos integrantes del Batallón de Infantería No. 4 ´Jorge Eduardo Sánchez´ (BAJES) y retirados del Ejército Nacional.
La imputación del excomandante de la IV Brigada y de los dos excomandantes se sustenta, en parte en la presión que cada uno de ellos ejerció por bajas en combate.
Cabe resaltar que, La Sala continúa investigando los hechos en Antioquia entre 2004 y 2006, y algunos hechos ilustrativos del 2007, así como la presunta responsabilidad del general Montoya en otros hechos de ejecuciones.